Основатель группы Евгений Гудзь родился в 1972 году на Украине, городе Боярка. После событий на ЧАЭС был с семьёй эвакуирован на западную Украину. Позднее, в качестве беженца, Гудзь побывал во многих странах Европы — в Польше, Венгрии, Австрии, Италии, а в 1991 эмигрировал в США, где осел в Нью-Йорке. Последняя его остановка — Рио-де-Жанейро.
Первоначально группа называлась «Hutz and the Bela Bartoks», но, по выражению Гудзя, «nobody knows who the hell Bela Bartok is in the United States». Первые концерты группа отыграла в клубе под красноречивым названием «Pizdets».
Первый сингл группы был выпущен в 1999, в том же году выходит первый альбом Voi-La Intruder, продюсировал его барабанщик Bad Seeds Джим Склавунос (Jim Sclavunos).
2005 год — выход Underdog World Strike, в котором было намешано невероятное количество стилей: рок-н-ролл, панк, балканские романсы, русские и украинские фольклорные мотивы, песни исполнялись на русском, английском, испанском и итальянском языках. Продюсер альбома Стив Альбини (Steve Albini).
Евгений Гудзь сыграл одну из главных ролей (роль одессита Алекса) в фильме «И всё осветилось», снятый Львом Шрайбером по одноимённому роману Джонатана Сафрана Фоера. Песня «Start Wearing Purple» в исполнении Gogol Bordello вошла в саундтрек к этому фильму. В том же году группа подписала контракт с лейблом SideOneDummy.
В 2007 вышел альбом Super Taranta, продюсер Виктор Ван Вогт (Victor Van Vugt), который стал ещё популярнее, чем предыдущие. В 2007 Gogol Bordello получили премию BBC «World Music Awards». Музыкальный журнал Rolling Stone включил работы группы в 50 лучших альбомов 2007 года, и 100 лучших песен 2007 года. Журнал New Musical Express поставил альбому четыре звезды из пяти.
Gogol Bordello сотрудничал с Мадонной. Евгений Гудзь и Сергей Рябцев исполнили вместе с ней шлягер «La Isla Bonita» в концерте «London Live Earth» 7 июля 2007 года на Уэмбли. Группа принимала участие в фильме, режиссёром которого являлась Мадонна, «Грязь и мудрость» (Filth and Wisdom), презентация которого состоялась на фестивале Sundance Film Festival весной 2008 года.
Gogol Bordello Non-Stop (Gogol Bordello Non-Stop) - документальный фильм о цыганской панк-группе, длится 90 минут.